秦可卿似乎是《红楼梦》中最具争议性、最富神秘色彩的一个人物。虽然她在第十三回就死了，却留下了诸多的疑团，引得后人争先猜测推理。
　　
　　 可卿的出身是个迷，书中说她是秦业从养生堂抱养的。如此低微的身份怎么就成了贾母“重孙媳妇中一个得意之人”？贾府“上上下下一双双富贵眼”如何能让这个穷丫头做了正头夫人？且看可卿的房间“案上设着武则天当日镜室中设的宝镜，一边摆着飞燕立着舞过的金盘，盘内盛着安禄山掷过伤了太真乳的木瓜。上面设立着寿昌公主于含章殿下卧的榻，悬的是同昌公主制的联珠帐……”是以这些皇室的“风流女性”衬托可卿的荒淫，还是暗示她与皇室的千丝万缕的关联？太虚幻境中，宁荣二公的魂灵在警幻面前只有“谦恭拜托的份儿”明显的是君臣关系，而可卿是警幻的妹妹，其身份不言而喻。所以，秦可卿的出身应该是十分高贵的，所谓“从养生堂抱来”不过是掩人耳目，或是皇室权利争斗的暂时牺牲品，或是帝王将相的私生女，她的家庭与贾家的关系非比寻常，所以将她托付与此，贾府当权者对她的宠爱自然也不是全无目的的。
　　
　　可卿自杀，贾家是没法向其家族交代的，非但不会得到预计的政治利益，反而结了仇恨，那个大肆铺张的丧事，该是讨好给人家看的。她所用的棺木是“义忠王老千岁”原要用的“樯木”贾政虽提出“此物恐非常人可享用”，贾珍还是用了，因为可卿本就不是“常人”。贾蓉不过是捐了个官，可卿的丧事竟惊动了北静王亲自祭奠，细心的读者想来已经发现了，贾敬“宾天”时，北静王并未露面。
　　
　　 可卿与宝玉的关系也是个迷，“云雨”一节虽然假借梦境写出，，却与现实丝丝相扣：现实中宝玉“倦怠，欲睡中觉”，来到可卿房间，见其房中富丽无比；梦境中是宝玉“告醉求卧”警幻送宝玉至一香闺“见其铺设之盛，乃素所未见之物”梦乎？幻乎？现实乎？秦氏死后，宝玉“只觉心中似戳了一刀的不忍，哇的一声喷出一口血来”宝玉与可卿有无私情？莫须有吧。
　　
　　 可卿的死更是迷，在这里原稿删了四、五页之多，或许是这四五页原本涉及了可卿的身世及死因，关联到某权贵的声明吧，总之这一节用了史笔，作者当是有不得已的缘故。但书中还是留下了很多蛛丝马迹，比如：焦大的“醉话”，比如瑞珠“触柱而死”，比如贾珍不顾身份地“哭的泪人一般”“恨不能代她而死”，尤氏称病不出，心病乎？贾蓉嬉笑无事，贾珍信誓旦旦要“尽我所有“为她出殡。
　　
　　秦氏死后，荣府上下等闻之，皆不胜纳罕叹息，有诧怪怜悯之意，一个久病致死的人如何令众人“纳罕”？又“疑心”什么呢？可见可卿不是病死的，而是自缢而死。《金陵十二钗》中的判词说她“情既相逢必主淫”曲演《红楼梦》里说她“擅风情、秉月貌，便是败家的根本”这都说明这个少妇在宁国府这个大染缸里已经自愿或被迫地堕落了。太虚幻境画册中有二佳人在楼上悬梁自尽，鸳鸯死时见秦二奶奶颈中缠绕白巾，凡此种种都是可卿自缢的明证。
　　
　　 可卿临死前在梦中向凤姐所说的一番话，再次证明她的身份，那绝不是出身寒微的人所能看出来、说出来的。对可卿的描写并非单单对她个人的讨伐，是借她来映出贾家走下坡路的必然性，贾家第一代贾寅、贾源是创业的一代；第二代贾代善、贾代化是守业的一代；第三代贾敬炼丹制药、贾赦无所事事，贾政迂腐平庸，已露下滑趋势；第四代贾珍、贾琏等奢侈淫乐狗彘不如，第五代贾蓉、贾蔷就更不成器了……后继无人，这样一个家族的覆灭是必然的；统治者不思进取一昧高乐，这样一个封建社会的灭亡也是必然的。