唐麟德元年（664），玄奘法师圆寂于译场玉华宫，安葬在长安城东白鹿原上。总章二年迁于今址，建五层砖塔藏之，并随即建寺，以示纪念。后来，唐肃宗游经该寺，题塔额曰“兴教”，从此这座寺院名曰兴教寺。