由于旅游业的空前繁荣，也给阿尔卑斯山的自然界生态环境带来了新问题，一些高山动物和植物种类濒临灭绝或遭到严重威胁。一些国家正在为此而采取一系列有效措施，避免这里的环境受到人为的破坏。过去，阿尔卑斯山是欧洲南北交通的极大障碍，从19世纪中叶起，许多铁路隧道相继建成，改变了过去仅依靠低矮的山口按季节通行的状况，现在已经可以南北全年通车，不受气候条件的影响。